在超任重新定义了游戏控制器的四年后，当时专注于音响设备的SONY，终于也以一鸣惊人的「Playstation」主机加入了战局。而它所使用的大容量CD光碟，更是为游戏业界投下了一颗震撼弹，使得它成为了第五世代游戏机的代表者。PS的控制器，虽然没有它的主机本身那么创新，但也带来了一些有趣的变化。
例如它将十字键的设计再度延伸，拥有四颗看似独立，实则相连的方向键。有这么一个说法：为了回避任天堂的十字键专利，而超任的肩部按钮设计，也再次扩充了数量，变成了L1、L2、R1、R2，现在大家所熟知的模样。另外手柄本身采用了更长、更突出的握把设计，整体外形变得更加的「立体化」，让玩家可以更确实的握住整个手柄，也能更顺利的操控肩部按钮。这样越来朝向人体工学方向的设计，也成为未来众多手柄的基础思路。
虽然销售量比对手逊色许多，但任天堂在PS发售两年后，也推出了当时游戏控制器中造型最诡异，也最特别的N64主机。N64的控制器不只是有着多达十颗的功能键，甚至还具有扩充用的端口和震动功能。独特的M型设计，让使用者只需要握住任何一个突出处，都可以轻松地使用其中两个控制功能键区。
但以上这些其实都不是重点，N64控制器最重要的贡献，就是位于主机中央下方，划时代的「类比摇杆」。虽然这并非是第一个使用类比摇杆的主机，但直到N64的出现，类比摇杆才开始真正受到游戏厂商的重视。这个类比摇杆，就是为了游玩《超级马里奥64》3D游戏所设计的。
玩家可以透过它与十字键的搭配控制视角和方向，位于摇杆背后，有如现代扳机钮功能的Z键，更是开创了《：黄金眼》等FPS射击游戏的新时代。这个类比摇杆的出现，解决了3D游戏操控的问题，也让它从此成为市场上的主流。
因此作为对手的PS也不得不迅速跟进，在年推出了DualAnalog，和DUALSHOCK控制器。借由「双类比」的架构，解决了3D游戏必须同时操作视角以及移动的问题，成功的奠定了如今3D游戏的控制模式。其后推出的所有控制器，基本上都仍未脱离这个架构下的范畴。
到了年后，科技巨头微软终于也以XBOX主机进军游戏业界。XBOX主机有着当时最强的硬件性能，招牌的XBOXLIVE功能，更是让它在线上服务的领域中，稳定领先其他的竞争者。但初代的XBOX控制器，却远远不如现在那么好用，最初的XBOX控制器外形，有点接近Dreamcast控制器和PS控制器的合体。
不过它将十字键移动到了左手拇指区，并在功能按键区的右上方额外放置了黑白按钮，只是这个控制器肥大的体积和功能区过多的按钮让它饱受批评，甚至还一度被认为是史上最差的控制器。反而是名为ControllerS，仅在日版发行的轻型控制器更受好评。因此这个ControllerS，也在日后取代初代控制器，成了XBOX的标配。至于对手的PS2则延续着DualShock的设计，这样的差异也成为了日后区分彼此控制器的方式。
来到第七世代后，虽然PS3和XBOX在控制器上渐趋稳定，除了去掉连接线和进一步修正人体工学之外，并无太大的变化。但传统老店任天堂，却反而在此时推陈出新，将有着满满创意的Wii主机呈现在世人眼前。Wii主机的目标，并非是在硬件上和XBOX和PS一较高下，而是选择用更新潮简单的玩法，吸引更广泛的大众族群。
为了达成这个目的所设计的，就是超特别的「WiiRemote」。设计概念源自于电视遥控器的WiiRemote，是一个同时具有动态侦测功能，也拥有传统控制设计的无线控制器，特殊的长条造型，让它可以像传统FC控制器那样横持操作。更特别的是还可以单手进行游戏，透过手势的操作感应来与屏幕互动。
如果需要两手一起操控的话，还可以搭配「双节棍」控制器让你双手并用。为了防止控制器脱落而附赠的腕带，也成为日后Joy-con腕带的前身，同时也为游戏界掀起体感游戏的风潮，并为日后的体感和VR游戏的控制器立下了典范。
到了年，虽然SONY、微软、任天堂三足鼎立的态势，没有什么变化，但百年老店任天堂依然勇敢地站在创新的第一线，推出了WiiU这台别致的主机。它的控制器，就是在当时领先业界的WiiUGamePad，这个以平板电脑为原型的控制器，搭载了时下流行的双类比，和一个6.2英寸的触控屏幕，而且同样具有Wii控制器的体感功能。
这些特点不只能够满足「通知」等社交需求，同时也提供了类似NintendoDS的手写控制玩法，甚至还发展出了超前的「离屏游玩」概念，不需要电视，只要有GamePad就能够游玩游戏。尽管WiiU在市场上可以说是惨遭滑铁卢，不过它的种种概念，却也都为日后的Switch成功打下基础。值得一提的是，现在仍在Amiibo上可以使用的NFC功能，也是从这个控制器才开始加入的。
到了年，任天堂又再次将WiiU主机的概念向前推进了一步，推出了这台融合了掌机、平板，且具有分离式屏幕等革命性设计，让任天堂再次回春的NintendoSwitch。这台主机的控制器，就是大家如今都非常熟悉的Joy-con，它不只可以在主机两侧和各种配备上拆卸，还具备体感、HD震动、IRCamera红外线感测器，以及NFC芯片等硬件。
而为了迎合时下的流行，还加入了录像和拍照的快捷键，同时这也是自红白机以来，任天堂第一次舍弃十字键的控制器。这些变化使得Joy-con异常轻巧，而且同样也非常适合游玩各种体感游戏。但相对的因为太过强调轻量化，也造成控制器的耐用度不佳，摇杆漂移的问题，时至今日仍然困扰着许多玩家。
目前最新的发展，就是去年底才开卖的PS5和XBOXSeries系列。这些第九世代的主机，虽然XBOX控制器除了微调体积和手感等细节之外，就没有太大变化，但PS5的控制器却有着相当大的转变。这支舍弃了历代DUALSHOCK之名，以DualSense的名称重新出发的控制器，可以说是SONY近年的大成之作。
不只是将Share按钮，改成了更加广义的Create按钮，而且为了连线聊天的功能，加入了麦克风，改善了扬声器，还搭配「自适应扳机」以及「触觉回馈」两大功能。透过内部的制动器和压力马达，带给玩家前所未有的操纵回馈感。虽然整体造型上的变化不大，但也看得出来除了提供给玩家必须的「功能性」之外，也带给玩家有别于以往，更细微的震动等游戏中想要传达给玩家。更细致的回馈反应，同时也将为玩家带来更深一层的沉浸感。
只要游戏持续发展，控制器的进化就永远不会停滞。从十字键、类比摇杆，到如今的VR、体感控制器，甚至眼球侦测等等。在类似《刀剑神域》那样完全虚拟现实的产品问世之前，在未来或许还会有许多独特的点子，将再度为控制器带来革命性的变化。