明朝中期以来，海上丝绸之路文明的兴起致使明王朝经济重心转移。而陆上丝绸之路文明没落，作为农耕为主的文明在维护西北地区稳定发展层面有一定局限性。
哈密卫作为“关西七卫”之一，自设立之时起便承担管理当地事务、迎送来往交通使节、把守西陲门户等特殊职责，并且作为明朝中央政府治理边疆事务而特设的军政合一的地方性行政机构，在一定时期维护着西北边疆的安全稳定，积极促进着与中原地区之间的经济、文化稳定交流。
但自正统年间起至嘉靖年间九十多年中，哈密反复遭受周边部族的侵扰，都城多次被攻陷，卫所也曾被迫迁至苦峪城，西北“和谐边疆”的政治环境被打破，战火一度蔓延至甘州、肃州一带，对边疆地区的安全稳定造成重大冲击，也使中原王朝对西域地区的统治遭受重大威胁。
一、正统、景泰年间危机爆发
哈密首次危机可视作正统四年（）伊始，至正统十三年（）得以稍安，历经近十年。先后经皮剌纳勾结猛可卜花作乱，罕东、沙洲、赤斤等卫所劫掠，以及瓦剌也先（-年在位）率兵侵扰，使哈密作为中央遥控西域“喉咽”之地位开始动摇，也使哈密自此陷入于长达九十多年的危机之中。
正统四年（），卜答失里（-年在位）之子倒瓦答失里（-年在位）继立为忠顺王，而部下都督皮剌纳暗中勾结猛可卜花对其进行谋杀。此次谋杀虽以失败告终，但在一定程度上影响了哈密内部稳定统治，致使内部不合成为无力抵抗外部入侵的原因之一。
正统五年（），罕东都指挥同知绰儿加偕同都指挥佥事班麻思结兵抵城外，劫掠哈密。哈密除经济、人口、牲畜等方面的损失外，更为重要的是哈密主权遭受巨大打击，为其后其他外部势力入侵打开先例。
正统七年（），沙州卫都督同知困即来亦率众入侵哈密，掠夺人畜，与赤斤先后兵侵，皆大获。哈密势弱无法抵抗，在人力物力皆失的情况下社会问题屡现。而明朝持怀柔远人政策，针对哈密屡屡被侵，仅作以安抚及敕谕入侵部族。
正统八年（），瓦剌也先在利用甥舅关系数次威胁忠顺王叛明无果后，派人兵侵哈密，劫掠大量牲畜，并劫持忠顺王母亲、妻子等返还瓦剌，借此再度威胁忠顺王前往瓦剌，以达到迫使哈密叛明之目的，忠顺王因此心生畏惧不敢前往，数此遣使告难。
朝廷再次晓谕各部族、卫所修好，不许再相互交攻，此举使得明朝在西域渐失威信，各部族、卫所表面服从。忠顺王母亲、妻子返还哈密。正统十年（），瓦剌也先再次劫持忠顺王母亲及其妻子弟弟返还瓦剌，并又数次胁迫忠顺王前往瓦剌，对此明政府表示让忠顺王“须谨守礼法，不许轻听奸诈怵诱，妄谈是非，自速后祸……尔宜体国厚恩，益坚臣节。”
忠顺王虽不愿前往却又惧怕也先，于正统十三年（）暗中前往瓦剌数月并欺瞒明朝未敢前往，直至哈密头目马黑麻等人到京明朝才知晓前委，此后明朝虽严厉斥责，却也无法使忠顺王振作起来抗击瓦剌。
景泰年间哈密局势相对稳定，鲜有其他卫所、部族势力入侵，哈密与瓦剌之间继续保持暗中沟通往来，也恰逢瓦剌也先入侵中原，使得哈密危机得以暂缓。但此时的哈密与明朝的关系较为微妙，忠顺王倒瓦答失里受限、惧怕于瓦剌，却也不愿公开叛变明朝，明朝亦对哈密此种做法不甚满意。
景泰三年（），忠顺王照例遣使献贡，以期明朝能为其使臣授予官职，于谦对待忠顺王既暗通瓦剌，又归顺于朝廷之行径，执言不再对哈密使臣授予官职。于谦试图以此敲打忠顺王，望其能够真心归顺朝廷，彻底断绝与瓦剌之联系，因而此种提议可视作对哈密的一种政治“制裁”手段。
代宗听从于谦以及兵部上奏，并晓谕忠顺王暂不授予官职。因而终景泰年间，明朝对哈密使臣无再授封官职者。景泰六年（），瓦剌也先卒。自此瓦剌逐步衰落，并在短期内未能对哈密及中原地区再次构成威胁。
哈密在景泰年间虽无使臣被授予官职，也与明政府之间存有隔阂，但哈密仍时常遣使献贡，明政府亦对其进行赏赐，并未断绝联系。除此因瓦剌的实际情况和其他外部环境因素影响，哈密也暂时获得几年的安定，哈密危机得以暂缓。
因忠顺王倒瓦答失里及其弟卜列革先后死亡，哈密出现无子继立之窘境，于天顺年间再次遭受外部兵侵掠夺，给哈密造成重大损失，也使哈密再一次陷入危机之中。
天顺元年（），倒瓦答失里卒，其弟卜列革（-年在位）继立为忠顺王，却也于天顺四年（）卒，卜列革无子继立，因而由其母弩温答失里主持国事。
天顺七年（），因哈密无王主事，又遇王母弩温答失里主国，使得部族离散、人心不齐。癿加思兰见哈密此种情形，破其城，大肆杀掠。至此明朝仍然难以立即率兵驰援，也只是催促哈密域内早日推荐出可继立王位之人。
此次危机突现，在很大程度上是因哈密无王主政，从而促使外部势力侵略之心日渐膨胀所引起，也导致此次危机延续时间较长，并在成化、弘治年间继续恶化，对哈密所造成的影响是长远和恶劣的。
二、成化、弘治年间持续恶化
自成化时期起，哈密延续了无王主政所造成之影响，被土鲁番侵占长达近十年之久，哈密危机持续恶化并逐渐转化为土鲁番与哈密之间的矛盾冲突。土鲁番三代首领反复率兵入侵哈密，先后掠夺大量人口、牲畜、物资等，给哈密的政治、经济、文化等方面造成了巨大冲击，哈密的“咽喉”地位渐失，职能也被暂时搁置，最终面对卫所被撤销之局面，同时也是在于土鲁番的冲突中危机肇始。
成化九年（），土鲁番速檀阿力亦乘哈密国内无王主政，内部上下离心之时，乘机攻破哈密，执王母，夺金印，以忠顺王孙女为妾，据守其地。
由此哈密在与土鲁番的冲突中首次“失陷”，都督罕慎率众退居苦峪城，其后于成化十三年（）土鲁番久据哈密，朝命边臣筑苦峪城，移哈密卫于其地。
哈密此次的“失陷”虽不是历史中的首次，但在与土鲁番的冲突中却是危机持续恶化的开始，原由在于哈密与瓦剌的斗争中，瓦剌最终因外部入侵和内部矛盾而“日益渐微”，哈密也得以保全和获得稍安，而此时土鲁番的日益强大，成为威胁哈密安全稳定的强大势力。
成化十八年（），都督罕慎纠集罕东卫、赤斤卫士兵和苦峪城本部兵马共计万余人夜袭哈密，得兵一千三百人，与己所部共万人，打败土鲁番驻哈密守将牙兰，乘势连复八城，遂还居故土。
至此失去十年之久的哈密得以光复，同时哈密卫迁回哈密，罕慎也因此立下战功，被进封为左都督。此次哈密的收复是在与土鲁番的冲突中首次以武力进行收复，但此间的矛盾并未得到实质性的解决。
土鲁番的实力仍然雄厚，并依旧以攻占哈密为目标，侵略之心越坚，因此在成化前后，哈密危机是处于持续恶化阶段，这也为哈密固守城池以及明朝的治边之策迎来更大考验。
弘治年间是哈密生死攸关之时，此时期内土鲁番经历了三代速檀的更迭，阿黑麻、满速儿先后继承阿力遗志，皆以攻占哈密为目的，以致哈密又多次被土鲁番所占据，最终也导致土鲁番与明王朝之间的矛盾愈加尖锐。
都督罕慎因收复哈密有功，得到众多部族支持，明王朝也认为忠顺王系亲属没有合适继立人，因此顺从哈密国人请求，于弘治元年（）封罕慎为忠顺王。
而同年土鲁番速檀阿力死，其子阿黑麻继立，阿黑麻认为罕慎并非王族后裔，不能名正言顺继立忠顺王，因而伪与罕慎结婚，诱而杀之，仍令牙兰占据哈密。
此次哈密失守所造成之危机是成化年间土鲁番与哈密矛盾冲突的一个延续，而土鲁番全然不顾忠顺王罕慎乃明朝所立并将其杀害，是对明王朝权威的再一次挑衅，为土鲁番与明王朝之间的直接冲突埋下祸端。
弘治三年（），明朝针对土鲁番的挑衅而采取一系列断绝通贡贸易等闭关手段，以及欲立忠顺王族孙陕巴为忠顺王，迫使土鲁番在对待哈密问题上受到了一定程度上的压力。阿黑麻为缓解与明朝之间的矛盾，听从部下建议向明王朝遣使献贡，并表示愿意归还哈密城池及金印。
弘治四年（），阿黑麻归还哈密城池、金印以及部分人口，而明朝也释放了被关押的土鲁番使臣，并重新开通了与西域诸国的通贡道路，恢复了与土鲁番的政治、经济往来。
此次明王朝收复哈密采取了非武力的方式，进行了经济“制裁”的手段，为哈密换来短暂和谐。弘治五年（），明王朝立前忠顺王族孙、现安定王族人陕巴（-年在位）为忠顺王，擢升阿木郎为都督佥事，与都督同知奄克孛剌共同辅助陕巴。
弘治六年（），阿木郎率人掠夺土鲁番牛马牲畜，惹怒阿黑麻，使阿黑麻率兵袭击哈密，潜兵夜袭哈密，杀其人百余，逃及降者各半。杀害阿木郎，劫持陕巴，并派牙兰再次占据哈密。
此次事件以阿木郎侵夺土鲁番牲畜在先，阿黑麻报复在后，是土鲁番首次以其“正当理由”对哈密进行袭击，正如甘肃镇巡等官上奏所说“阿木郎之祸，因其自取”，因而使得明政府在哈密问题上无法义正言辞的批驳土鲁番，造成哈密危机持续恶化的一个衔接。
弘治八年（），许进协同大将军刘宁夜袭哈密，击退土鲁番守将牙兰，并收复哈密城池，斩其遗卒，抚降余众而还。哈密城池虽得以收复，但哈密民众自以穷窘难守，害怕土鲁番再次入侵，尽焚室庐，走肃州求济。先是奄克孛剌并其人亦寄居赤斤，守臣并为之请居苦峪，给牛种耕牧。对此明王朝皆给予牛、农具、耕种等，让其放牧、耕种以图兴复哈密。
弘治十年（），明王朝对西域诸国再次采取闭关绝贡的经济“制裁”手段，迫使土鲁番在西域诸国的舆论压力中归还陕巴及掳去的哈密民众，乞通贡如故。此次使陕巴及哈密民众回归之方法，同样是采取经济手段，但论实际效果却是相当可观。
在陕巴被劫持在土鲁番的几年里，奄克孛剌者充当最高长官，而当陕巴回归后明王朝也未立即恢复陕巴王位，而是让其暂居甘州，待到哈密众头目归顺朝廷后再让其复位。
弘治十一年（），王越上奏言不能放弃哈密，忠顺王陕巴也不应废弃，应当让陕巴继续做忠顺王，并且奖励罕东、赤斤等地此前安置哈密民众之功劳。孝宗采纳王越意见，使得此后几年里哈密得以稍安，土鲁番也安分向明王朝献贡。
弘治十八年（），哈密忠顺王陕巴卒，其子拜牙即继立为忠顺王。成化、弘治年间即使明朝以“闭关绝贡”打压番部势力，暂灭土鲁番消长气焰，但哈密历经多次土鲁番起兵侵占，已然城池破败，民心涣散，边政危机并未得到真正解决。
三、正德、嘉靖年间再度加剧
正德年间是哈密最为危机时期，也是土鲁番对明朝的军事进攻及明朝逐步收缩西北防线的过程。忠顺王拜牙即叛入土鲁番，回回首领写亦虎仙亦叛入土鲁番，并诱使满速儿攻击肃州，土鲁番与哈密的冲突直接变为土鲁番与明王朝之间的冲突。最终经过反复较量使得明王朝放弃兴复哈密，并与土鲁番重修旧好，以保边境安定。
正德八年（），拜牙遭挑拨弃城叛入土鲁番，土鲁番部满速儿遣火者他只丁据哈密，又遣火者马黑木赴甘肃言拜牙即不能守国，满速儿遣将代守，乞犒赐。
此次拜牙即叛变意味着明王朝在统治意义上彻底失去了哈密，以哈密作为卫所的地方行政机构完全丧失，其后明政府也未能再次正式收复哈密。正德九年（），土鲁番分兵掠夺苦峪和沙州，并夺得两城城印，扬言需明王朝赎回。
十一年（），都御史彭泽派人责令土鲁番归还哈密、金印及忠顺王，番部最终归还哈密和金印，忠顺王未能回还。其后他只丁又再次夺取哈密，请满速儿居之，并派兵协助土鲁番据守沙州，拥众入寇，至兔儿壩，共同兵犯肃州。
此次土鲁番兵侵边关，杀害肃州驻守官兵七百多人，并大肆掠夺而去，所谓“甘肃之变”，给西北边疆稳定造成巨大破坏。正德十五年（），自满速儿侵犯边关后多次请求与朝廷通贡都未能成功，因而满速儿承诺将先前所劫掠去的官兵及忠顺王家属全部归还，并再次请求向朝廷献贡。
明王朝同意了满速儿的请求，土鲁番开始连年献贡，明王朝对其也和以前一样，但忠顺王也没有归还，明王朝亦不再过问忠顺王的事。正德十六年（），杨廷和认为写亦虎仙熟悉中原实情，归必为边患，于遗诏中数其罪，并其子婿伏诛。此次斩杀写亦虎仙等人，为其后满速儿兵侵甘州提供了借口。
正德年间经历了拜牙即叛变、哈密失守、肃州告急、斩杀写亦虎仙等诸多事件，造成西北边防局势多变而危机，以致哈密卫所不复存在，成为哈密自危机爆发以来最为危机时期，其中甘肃也历经兵侵掠夺之灾，使之遭受极大破坏，而这些影响皆顺延至嘉靖年间，为明王朝如何处理哈密及西域诸国提供新的“课题”。
嘉靖年间“大礼议之争”使明王朝中枢权力层发生更迭，从而致使在对待哈密、土鲁番以及西域诸国的政策上也发生了很多变化，从嘉靖初年危机依旧存在，到嘉靖前期危机得以解决，西北在其后几十年获得安稳。
嘉靖二年（），写亦虎仙的儿子米儿马黑麻、女婿马黑木、侄婿米儿马黑麻等人全部被杨廷和处死，杨廷和此举本意在于吓退土鲁番，迫使满速儿不敢入侵甘肃，结果却适得其反，此举成为满速儿兵侵甘肃的借口。
三年（），满速儿便以杨廷和无故处死写亦虎仙及其子侄、女婿等为借口，率兵两万兵围肃州，又分兵侵略甘州，使安稳并未几年的甘肃再次沦陷。此次入侵经过甘肃巡抚陈九畴等官兵的英勇抵抗得以击退，并且斩杀了他只丁。
后经陈九畴极力建议，力言贼不可抚，乞闭关绝贡，专固边防。明王朝再次开始闭关绝贡，并专心巩固边防。四年（）“贼（满速儿）复犯肃州……他将援兵至，贼始遁。”七年（），又因边防大臣接纳了与满速儿发生矛盾的牙兰，满速儿再次命其部下虎力纳咱儿引瓦剌二千余骑犯肃州。统被击退。
嘉靖前期甘肃边关多受土鲁番入侵，给甘肃地方的安全稳定、生产生活造成极大威胁，哈密卫所也在经历种种兵侵之后基本不复存在，其后虽仍有光复哈密的声音存在，但放弃哈密并与土鲁番重修旧好成为主流，且最终得以实现，为西北边陲迎来几十年安稳生活，重新构建了“和谐边疆”的形式和环境。
四、总结
在明初休养生息之时，土鲁番部逐渐强大起来，对哈密卫进行了多次攻占，导致了哈密危机的产生。由此明王朝开启并实践了解决哈密危机问题的种种措施。
复立哈密卫的过程展现了明王朝对于西域地区的重视以及归复决心，在历经三立三失哈密卫的过程中，明朝也在摸索中不断实践，作出对此战略调整，最终王琼纵观西域局势，认为关西七卫已失去初设之意，哈密卫更是支离破碎，为缓解明朝中期因哈密而致的边防压力，闭关绝贡更是破坏西北地区稳定之本。
只有恢复与土鲁番部的贸易关系、重修于好才有利于西域地区稳定发展。在解决哈密危机的过程中，朝廷重臣王琼的大局意识和智勇表现在中华民族边疆安全发展史上留下了光辉一页。
同时明朝哈密危机的最终解决，为新疆各族人民战后生存和社会发展提供了力所能及的帮扶，创造了军事、人民、政治三方融洽相处的和谐局面，强化了土鲁番部等边疆民族政治认同，为明朝后期西域局势稳定发展奠定了统一的政治基础和坚实的社会基础。